Nació en 1947 en A Pobra do Caramiñal. Al año siguiente, se trasladó con su familia a Ribadeo, donde tuvo el primer contacto con la pintura gracias a una monja del colegio que le enseña a dibujar al pastel y que, en palabras del artista, lo animó muchísimo.
En 1956 se trasladó de nuevo con su familia a la ciudad de Segovia. Este contraste de paisajes y colores influyó notablemente en su obra, como él mismo dijo: «Si soy un buen colorista es porque he conocido muchos paisajes diferentes, con sus paletas correspondientes: Galicia, Castilla, el mediterráneo». Allí mantuvo el contacto con la pintura gracias a las salidas al campo y las continuas visitas que realizaba a las exposiciones de La Casa del Siglo XV, donde expondría asiduamente con el paso de los años.
Cuando tenía doce años, asistió a las clases voluntarias que imparte el padre Alvarado, del Colegio Claret de Segovia. En estas clases, llamadas por el propio profesor «Trazos y manchas», Baixeras capta el concepto de «paisaje interior», que tanta importancia tuvo en su producción artística. Aparte de la pintura, la otra gran vivencia cultural de Rafael en la década de los sesenta fue la música. Junto con su hermano, Antonio, improvisaba melodías camino del colegio, y más tarde formó un grupo musical esporádico, Lindo’s Blues.
Presionado por su padre, se matriculó en la Escuela de Arquitectura de Madrid. Tras dos años de áspera relación con su familia, consiguió que su padre le permitiese matricularse en Bellas Artes. Baixeras era un joven divertido y conflictivo al que no le gustaba el intelectualismo que suele rodear al arte. Vivía de manera bohemia, alquilando áticos junto con otros artistas para pintar. Uno de sus compañeros de piso y gran amigo fue Mon Montoya. Juntos realizaron en 1972 un viaje por Italia y Suiza, empapándose de las obras gráficas que se estaban realizando en esos lugares. En 1973 cayó en una depresión de la que se recuperó lentamente. Al año siguiente, se estableció definitivamente en Segovia junto a su esposa Teresa, con la que había contraído matrimonio ese mismo año.
Artísticamente, en la década de los setenta, Baixeras cambia las raíces expresionistas y surrealistas-narcisistas por otras de referencias más próximas al pop, y con crecientes dosis de racionalización. Fruto de este cambio son sus «homopatocitos» y «homomotos». Dejó de lado una estricta abstracción, cercana a la vertiente cromática del expresionismo abstracto americano, con intensas gradaciones monocromas. El uso del acetato transparente es lo más destacado de su técnica.
Junto con Mon Montoya y otros artistas formó el grupo Seis y Cuatro con los que participó en las Bienales de São Paulo y París, integrándose en solitario en los movimientos de vanguardia de Galicia en los años 80. Durante años alternó sus tareas como profesor de dibujo en la Escuela de Artes Aplicadas y Oficios Artísticos de Segovia con la crítica y el diseño industrial. En 1981 obtiene una beca del Ministerio de Cultura para la investigación plástica.
Expuso, de forma individual, en 1970 en Tarragona, en León en 1971, en la Galería Fauna’s de Madrid y entre 1973 y 1977 en la Casa del Siglo XV, y se convirtió en un valor indiscutible de la vanguardia local segoviana. También participó en 1977 en la XIV Bienal de Arte de São Paulo y la Casa de las Américas de La Habana. En 1978 realiza exposiciones en la Fundación Gulbenkian en Lisboa, así como en París, Washington, Miami o Santiago de Compostela. Su obra está presente en los fondos del Museo Nacional de Arte Contemporáneo Reina Sofía y en la Colección de Arte ABANCA, entre otras.